為落實對學生全人教育的訓練，本校成立了一個跨院性的共同教育委員會，負責整合系所間課程資源，妥善規劃學生在專業訓練以外，所應具備的基本學科知識與視野。原本共同教育委員會下分設通識教育中心、體育室、軍訓室，處理相關業務的推展。為了因應教育學程之開辦及地方教育的輔導，共同教育委員會於87學年度在現有組織架構外，成立了師資培育中心，肩負起培育具有環境意識與多元教育觀的中等學校師資及提升東部地區師資之責。91學年度共同科藉教育部提升大學人才培育計畫，以「第二梯次提升大學基礎教育計畫－迎向二十一世紀的東華大學通識課程計畫」設置藝術中心，並在93學年度正式成立。94學年度將語言中心納入共同教育委員會所屬單位之一，並於97學年度兩校合併後，師資培育中心因調整組織架構，獨立成立「師資培育中心」。另，在102學年度成立華語文中心，結合本校專、兼任華語師資，以及華語文教學師資培育系統，建立各類型華語文班別，主要任務為提供本校國際學生、交換生、一般外籍學生及社會人士完整的華語文學習環境，提昇華語程度，深化對台灣文化的認識。108學年度成立大一不分系學士班，藉由延後分流的方式，讓學生對自己的學習性向及未來生涯有更多認識。自111學年度起，共同教育委員會更名為洄瀾學院，大一不分系學士班則轉型暨更名為縱谷跨域書院學士學位學程，來提供學生持續展開跨領域學習的機會。自113學年度起，藝術中心更名為藝文中心，以符合中心屬性。
因此，洄瀾學院所屬共六個單位，其主要負責工作如下：
通識教育中心：負責校核心通識課程之規劃與開設。
語言中心：負責校核心英語課程之規劃與開設，辦理英語能力檢定分級測驗、英語畢業門檻，並提供校內英語之行政支援與專業諮詢。
華語文中心：負責校核心中文課程和華語課程之規劃與開設，以及培育華語師資。
體育中心：負責校核心體育課程之規劃與開設，辦理體適能畢業檢測、各項體育相關活動和比賽，及校隊訓練。
藝文中心：作為東華人文及藝術氣息的培育中心，提供全校性及服務社區的藝文活動。
縱谷跨域書院學士學位學程：為四年制不分系的系級單位，培養學生的自主學習與跨領域能力，成為具有「獨立思考的心智、客觀同理的情感、自我實現的意志」三者兼備的全人。
洄瀾學院組織架構圖
